法人が赤字でも税金はかかる？支払う税金と赤字決算後の対策を解説

公開日：2026年09月29日 更新日：2026年11月12日

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法人が赤字決算になったとき、「税金は払わなくてよいのだろうか」「資金繰りは大丈夫だろうか」と不安になる方もいるでしょう。法人が赤字でも、すべての税金がなくなるわけではありません。税金ごとに課税される条件が異なるため、納付と申告の要否を確認する必要があります。

この記事では、赤字でもかかる税金とかからない税金、欠損金を活用する制度を整理します。さらに、資金繰りや融資への影響、赤字の原因に応じた経営改善の考え方まで解説します。

この記事のポイント

法人が赤字でも税金はかかる？

法人が赤字でも税金はかかるのでしょうか。判断する際は、まず会計上の赤字と税務上の所得が必ずしも一致しない点に注意が必要です。利益に応じて課される税金がある一方、法人の規模や取引、保有資産に応じて発生する税金もあります。赤字という決算結果だけで一律に判断せず、税目ごとの条件を確認しましょう。

赤字でも支払う税金

法人住民税の均等割は、赤字決算でも原則として支払いが必要です。税額は資本金等の額、従業者数、自治体などによって変わります。また、消費税は利益そのものに対する税金ではありません。課税事業者であれば赤字でも納付が生じる場合がありますが、必ず納付になるわけではありません。土地や建物などの課税対象資産を保有していれば、固定資産税も確認が必要です。

また、法人事業税の付加価値割・資本割は、外形標準課税の対象となる法人に限って発生します。このように、赤字でもかかる税金は、それぞれ「法人の存在」「課税対象となる取引」「資産の保有」など課税される条件が異なります。

赤字なら原則として発生しない税金

税務上の所得がない場合、所得に対する法人税は原則として発生しません。法人税額に連動する地方法人税や法人住民税の法人税割も、原則として発生しません。

法人事業税についても、所得を基準とする所得割は原則として発生しません。一方、対象法人に課される付加価値割・資本割や、一部業種に適用される収入割は、所得割とは課税の仕組みが異なります。また、所得割が生じない場合は、それを基礎とする特別法人事業税も原則生じません。ただし、収入割が適用される法人は別途確認が必要です。防衛特別法人税についても、基準法人税額が生じなければ原則として税額は発生しません。ここでいう「赤字」は税務上の所得がない場合を指します。決算書上の赤字だけで判断できない点に注意しましょう。

会計上の赤字と税務上の赤字は異なる

決算書に記載する会計上の利益は「収益－費用」、法人税の計算に使う税務上の所得は「益金－損金」を基に計算します。両者には差が生じることがあります。たとえば、会計上は費用に計上していても、交際費の限度超過額や要件を満たさない役員給与は、税務上の損金に算入できない場合があります。そのため、決算書が赤字でも税務調整後に所得が生じ、法人税の納付が必要になることがあります。納税の要否は申告上の所得で確認しましょう。

赤字決算になった場合の税務上の対応

赤字決算になったら、まず各税目について申告と納税の要否を確認します。決算書上の赤字額が、そのまま税務上の欠損金になるとは限りません。税務調整後の金額を確かめ、要件を満たす場合に利用できる制度も確認しましょう。

赤字でも法人税の申告は必要

通常の株式会社などでは、赤字で納付する法人税がない場合も確定申告が必要です。申告期限は原則として事業年度終了日の翌日から2か月以内ですが、延長の適用がある場合などは個別に確認してください。法人住民税や法人事業税など、地方税の申告も別途確認が必要です。

申告のための帳簿や資料を整え、保存しておきましょう。欠損金の繰越控除には欠損年度の青色申告とその後の連続した確定申告などの要件があります。繰戻し還付には欠損年度の期限内申告も必要です。制度ごとに条件が異なるため、混同しないことが大切です。

赤字を活用して税負担を軽減できる制度がある

税務上の欠損金が生じた場合、一定の要件を満たせば税負担の軽減に活用できます。代表的なのは、将来の所得から差し引く「繰越控除」と、過去に納めた法人税の還付を請求する「繰戻し」です。繰越控除で直ちに現金が入るわけではなく、繰戻しでも赤字額の全額が戻るわけではありません。それぞれの条件を確認しましょう。

欠損金の繰越控除

欠損金の繰越控除は、過去の税務上の欠損金を将来の所得から差し引く制度です。欠損金が生じた年度に青色申告書を提出し、その後も各年度の確定申告書を連続して提出するなどの要件があります。その後の年度まで毎期青色申告が必要という意味ではありません。繰越期間は欠損金が生じた年度によって9年または10年で、原則は10年です。

中小法人等は原則として所得の全額まで控除できますが、大法人の完全子法人等は除外される場合があります。それ以外の法人は原則として所得の50％が限度です。全額控除できる法人に未使用の欠損金150万円があり、翌期の控除前所得が100万円なら、その所得を0円にし、残り50万円を後の年度に繰り越せます。同じ欠損金を繰戻し還付にも重ねて使うことはできません。

欠損金の繰戻しによる還付

欠損金の繰戻しによる還付は、税務上の欠損金を原則として前期に繰り戻し、前期に納めた法人税の一部または全部の還付を請求する制度です。赤字額がそのまま返ってくる仕組みではありません。

通常の年次決算で利用する場合は、対象となる中小企業者等に該当するかを確認します。大法人の完全子法人などは対象外となる場合があります。また、前期から青色申告書を提出し、欠損年度の確定申告書を期限内に提出するとともに、還付請求書を同時に提出するなどの要件があります。還付金の入金には時間がかかるため、直近の支払いに充てられる前提で資金繰りを組まないようにしましょう。

赤字決算が経営に与える影響と立て直しのポイント

赤字決算は一定期間の損益を示します。1期だけ赤字だったからといって、赤字経営が続くとは限りません。ただし、税金の確認だけで終わらせず、手元資金や融資への影響、赤字の原因も把握する必要があります。「資金・融資・採算」の3つを確認し、それぞれ必要な対応につなげましょう。

資金繰りを確認し、納税が難しい場合は早めに相談する

決算書が赤字でも現金がすぐに不足するとは限りません。反対に、利益が出ていても売掛金の入金が遅れれば資金が足りなくなることがあります。現預金残高と売掛金の入金予定、仕入れ・人件費・税金・借入返済の支払予定を資金繰り表にまとめ、いつ、いくら不足するかを確認しましょう。

納税資金が足りない見込みなら、未納のまま放置せず、国税は税務署、地方税は管轄自治体へ早めに相談してください。納税の猶予は要件や申請手続があり、税額そのものが免除される制度ではありません。

融資への影響を確認し、金融機関に相談する

赤字決算は、金融機関が返済能力を判断する際の懸念材料となり、融資条件や追加融資に影響する場合があります。ただし、単年度の赤字だけで融資を受けられないと決まるわけではありません。赤字の理由に加え、財務状況、今後の資金繰り、改善の見込みも重要です。

資金が尽きる前に、決算書・試算表・資金繰り表・借入一覧を用意し、現状と改善計画を金融機関へ共有しましょう。必要であれば、資金調達や返済条件の見直しについて相談します。

赤字の原因を見極め、不採算事業やコストを見直す

まず、赤字が臨時の損失や一時的な費用増によるものか、本業で利益が残らない構造によるものかを見極めます。売上、粗利率、固定費、営業利益の推移を確認し、売上が増えても利益が出ない原因を探りましょう。

そのうえで事業・商品・取引先ごとの採算を比べ、仕入価格や販売価格、外注費、家賃、在庫などを見直します。一律の経費削減で品質や売上を損なわないよう、採算改善、事業の縮小・撤退を含めて検討してください。自社だけで進めにくい場合は、税務は税理士、収益改善や事業再生は専門家に相談する方法もあります。

赤字の原因に応じた経営改善の事例

資金繰りの立て直し方は、赤字や資金不足が生じた原因によって変わります。ここからは、経営体制と固定費を見直した運送会社と、仕入れや在庫の持ち方を変えたセレクトショップの事例を紹介します。いずれも、課題を特定したうえで具体的な改善策につなげた事例です。

赤字転換で倒産危機に陥った老舗運送会社の事例

老舗運送会社では、後継者への経営移行に伴う課題に燃料価格の高騰や運賃の低下が重なり、赤字へ転じて倒産の危機に陥りました。支援では3,000万円の出資に加え、経営体制を見直し、設備や遊休資産を売却。固定費・外注費の削減や運行ルートの見直しにも取り組みました。

資金面の支援だけに頼らず、日々の運営にかかる費用と経営の進め方を改めた結果、倒産危機を回避し、雇用を守りながら黒字転換が見込まれる状態になった事例です。黒字化がすでに達成されたという意味ではありません。

資金ショート寸前から仕入れ・コスト構造を改善した事例

セレクトショップでは、事業拡大を目指した大量仕入れによって在庫が増え、資金繰りが悪化しました。資金ショート寸前の状況に対し、1,500万円の出資を受けるとともに、海外の仕入先との価格交渉や、在庫を抑える仕入方式への変更、輸送方法の見直しを進めました。

仕入れコストを削減し、在庫に資金が滞留する状態を改善したことで、利益とキャッシュフローが改善。事業拡大につなげた事例です。売上だけを追うのではなく、仕入れと現金の動きを合わせて管理する必要性が分かります。

よくある質問

東京事業再生コンサルティングセンターにご相談ください

法人が赤字でも、税目によっては申告や納税が必要です。税制の確認とあわせて、資金繰りや本業の採算を見直しましょう。赤字が続いている、支払いの見通しが立たない、改善策を社内で進められないといった場合は、外部への相談も選択肢になります。

東京事業再生コンサルティングセンターでは、資金繰りや経営体質の課題を整理し、事業再生に向けた対応を支援しています。税務上の判断は税理士などの専門家に確認したうえで、経営の立て直しについてはお気軽にお問い合わせください。https://saisei-fund.com/contact/

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本コラムの監修者

事業再生コンサルタント
清水 麻衣子

元銀行マンで、多くの顧客の相手をしてきた実績と数々の中小企業を見てきた知見をもって、東京事業再生コンサルティングのコンサルタントへ。

通常のコンサル会社におけるコンサルタントとは大きく違い、豊富な知識と現場のリアルを把握している、企業を想った本質的なコンサルが魅力。

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